厚生労働省の賃金構造基本統計調査によると、平成20年度の薬剤師の平均年収は504.8万円だそうです。以下詳細です。
平均年収：504.8万円（年間賞与含む）
平均月収：35.7万円
平均時給：2050.6円
年間賞与等：76.7万円
平均年齢：36.1歳
平均勤続年数：5.9年
復元労働者数：43,860人
総労働時間：174時間/月
民間の平均年収は437万ですので、それに比べると若干高いと言えます。
しかしながら、どこの職につくか、どういったキャリアを積むかによって同じ薬剤師でも年収に幅が出てきます。
調剤薬局 約400～650万円
ドラックストア 約400～700万円
病院 約400～650万円
製薬会社 約400～800万円以上（営業の場合。開きが大きいのは歩合制もあるため）
薬剤師の多くは調剤薬局やドラックストアに就職するため、平均値もその年収の幅の中に収まっています。調剤薬局の薬剤師収入は400万円から、勤続3年目で500万円程度が目安だそうです。
中には大手ドラッグストアで昇進し、年収700万円以上になる人もいます。
年収を重視するなら、小さな調剤薬局よりはドラッグストアなどの大きな企業に就職するほうが可能性はあります。
製薬会社は年収が高いですが、研究職に就ける人の割合はわずかです。新卒での求人はとても少ないと考えて下さい。新規に採用する場合はほとんどが営業職。歩合制で成果主義の企業も多いです。
基本的に製薬会社の営業は薬剤師の資格を必要としませんので薬剤師の資格を持っている人しか就けない職に就きたいと考えてしまいがちですが、薬剤師の資格保有者ならではの知識を生かした営業で高い給料につなげることが出来るという考え方もあります。